Органами управления Исследовательского Фонда UNEC являются Совет Попечителей и Президент.
Совет Попечителей является надзорным (контрольным) органом Фонда. Члены Совета избираются учредителями Фонда раз в 3 года. Новые члены Совета Попечителей могут быть избраны только при согласии всех его участников.
В полномочия Совета Попечителей входят:
- Контроль поступающих в Фонд средств;
- Контроль расходов Фонда;
- Утверждение программ Фонда и контроль за их исполнением;
- Избирает и отзывает от должности Президента Фонда;
- Принимает доклады (отчеты) Президента Фонда;
- Определяет аудитора Фонда и принимает его доклады (отчеты)
- Принимает решение об открытии филиалов и представительств Фонда и утверждает их Устав;
- В случаях, когда интересы и уставные цели того требуют, вносит поправки в Устав Фонда;
- Принимает решение о возобновлении или прекращении деятельности Фонда;
- Участвует в иных важных решениях о деятельности Фонда.