UNEC Tədqiqat Fondunun idarəetmə orqanları qismində Himayəçilik Şurası və Prezident çıxış edirlər.
Təsisçilər tərəfindən təşkil olunan Himayəçilik Şurası Fondun nəzarət orqanıdır. Himayəçilik Şurasının üzvləri Fondun təsisçiləri tərəfindən 3 il müddətinə seçilir. Fondun Himayəçilik Şurasına yeni üzvlər yalnız şuranın bütün üzvlərinin razılığı ilə qəbul edilir.
Himayəçilik Şurasının səlahiyyətlərinə bunlar daxildir:
- Fondun vəsaitlərin daxil olmasına nəzarət
- Fondun vəsaitlərinin xərclənməsinə nəzarət
- Fondun fəaliyyətinin ümumi istiqamətlərini müəyyən etmək
- Fondun proqramlarını təsdiq edərək onların həyata keçirilməsinə nəzarət etmək
- Fondun Prezidentini seçmək və vəzifədən geri çağırmaq
- Fondun Prezidentinin hesabatlarını qəbul etmək
- Fondun auditorunu müəyyən etmək və onun hesabatlarını qəbul etmək
- Fondun filiallarının və nümayəndəliklərin açılması barədə qərar vermək, onların əsasnamələrini təstiqləmək
- Fondun mənafeyi, onun nizamnamə məqsədləri tələb edən hallarda Nizamnaməyə dəyişiklik və əlavələr etmək
- Fondun fəaliyyətinə dair digər vacib qərarlar qəbul etmək.